マクロを実行後、そのままROOTを終了するようにするためには、

root -q macro.C

のようにすればよい。

毎度 -q を入れるのが面倒ならば、マクロの最後に以下のどれかを加えてやれば良い。

  gSystem->Abort();//引数は取れるが何を意味するか不明
  gSystem->Exit(0);//// 終了コードを指定
  gApplication->Terminate();///// 引数を指定すると、終了コードとしてその値を返す。

ちなみに終了コードは0-255になるよう、引数をXとして、(X % 256) の値が返る。