ジャーナルによっては tex ファイルを一つに統合した上で (\input を使わずに) 提出することを求められる場合がある.
その場合は latexpand が便利.
MacTeX ユーザはすでに入っていると思われる.
使い方は単純に
$ latexpand -o merged.tex main.tex
ここで main.tex が \input などを使用している全体を統括しているファイルで,merged.tex は作りたいファイル.
.bbl ファイルは (性質上 tex ファイルと同じなので) 統合してくれたが,BibTeX がどうなるかは不明.