http://www.fugenji.org/~thomas/texlive-guide/font_setup.html
http://osksn2.hep.sci.osaka-u.ac.jp/~taku/osx/embed_hiragino.html
を参考に。

 sudo mkdir -p /usr/local/texlive/texmf-local/fonts/opentype/public/hiragino/
 cd /usr/local/texlive/texmf-local/fonts/opentype/public/hiragino/
 sudo ln -fs "/Library/Fonts/ヒラギノ明朝 Pro W3.otf" ./HiraMinPro-W3.otf 
 sudo ln -fs "/Library/Fonts/ヒラギノ明朝 Pro W6.otf" ./HiraMinPro-W6.otf
 sudo ln -fs "/Library/Fonts/ヒラギノ丸ゴ Pro W4.otf" ./HiraMaruPro-W4.otf
 sudo ln -fs "/Library/Fonts/ヒラギノ角ゴ Pro W3.otf" ./HiraKakuPro-W3.otf
 sudo ln -fs "/Library/Fonts/ヒラギノ角ゴ Pro W6.otf" ./HiraKakuPro-W6.otf
 sudo ln -fs "/Library/Fonts/ヒラギノ角ゴ Std W8.otf" ./HiraKakuStd-W8.otf
 
 sudo mktexlsr                                  ### ls-R データベースの更新
 sudo updmap-sys --setoption kanjiEmbed hiragino
 kanji-config-updmap hiragino                   ###フォントマップのデフォルト登録

font の埋め込みを止めるには

 kanji-config-updmap nofont

とする。

fontの埋め込み状況を知るには

 kanji-config-updmap status

とすればよい。 ヒラギノが埋め込まれている場合は CURRENT family : hiraginoとでる。