root fileをマージするのに、haddというコマンドがある。(${ROOTSYS}/bin/ 以下)

hadd output.root input1.root input2.root input3.root ....

のように第一引数に新規の出力ファイル名、第二引数以降にマージしたいroot file名をとればよい。

ただし、このままでは一度にマージできる数に限りがあるらしく、それを解消するには

 ls -v *.root | xargs hadd output.root

のようにxargsを使って渡してやればよいらしい。
lsにaliasを設定していてうまく動かない時はバックスラッシュをつけてやるとaliasが解除されてうまくいく。

 \ls -v *.root | xargs hadd output.root